Soruşturmayı yürüten savcılığa sunulan bilirkişi raporunda kazanın 3 kök nedeni olduğu vurgulanırken birinci fail olarak TCDD Genel Müdürü İsa Aydın gösterilmişti. Raporda, “Yolun imalatı vaktinde tamamlanmamış, proje kapsamı bitmemiş ve gerekli zaman tanınmadan işletmeye açılmıştır. Ankara Sincan hızlı tren hattını imalat tamamlanmadan ERTMS/ETCS sistemi gerekleri olmadan işletmeye açtığı için TCDD Genel Müdürü İsa Aydın kusurludur” ifadeleri kullanıldı.
9 yurttaşın hayatını kaybettiği kazanın ana nedeni olarak hattın vaktinden önce açılmış olması gösterildi. Kazanın gerçekleştiği tren hattının seçimlere yetiştirilmek için tamamlanmadan açılması tartışmalara neden olmuştu.
Kazanın bir diğer nedeni olarak ise “Yanlış bir trafik yönetim sistemi kurulmasının kazanın ikinci kök nedeni kanaati oluşmuştur” şeklinde anlatıldı.
Ayrıca kazandan 4 gün önce manevra alanlarının değiştirilmesinin de kazada etkili olduğu söylenerek “Manevraların doğudan batıya alınması kazanın üçüncü kök nedenidir” değerlendirilmesi yapıldı.
Raporda, “TCDD Genel Müdürü ve EKAY Daire Başkanı Tuna Aşkın kusurludur” denildi.
